Fodor Gábor lemond
Fodor megjegyezte: egy évvel korábban, amikor elnökké választották, egy rendkívül nehéz helyzetben lévő pártot vett át, és az volt a meggyőződése, hogy tennie kell egy kísérletet arra, hogy a támogatottságot növeljék, miközben még inkább érvényre juttatják a liberális értékrendet.
Akkor az volt a célja, hogy kirántsa az SZDSZ-t abból a helyzetből, hogy egy öt százalék körüli párt. Ezért kezdte el azt a programot, amelynek során először párbeszédet akart mindenkivel folytatni, emellett pedig programot kért a kisebbségi kormánytól, azzal a céllal, hogy ha az nem elfogadható, akkor támogatni kell a szakértői kormány megalakítását, majd pedig az előre hozott választás megtartását. Ugyanakkor ő fontosabbnak tartotta a pártegységet, mint hogy ezt a programját akár a "párt osztódása útján is" végigvigyék, de a választók ezzel már láthatóan nem értettek egyet - fejtette ki.
Fodor 1988-ban a Fidesz alapító tagja, szóvivője. 1988 októberétől a párt választmányának tagja. 1993-ban rövid ideig alelnöke. 1990-ben bekerült az Országgyűlésbe. A Fidesz jobbrafordulása miatt többek között Ungár Klárával és Molnár Péterrel kiléptek a pártból és lemondtak képviselői helyükről. 1994-ben beléptek az SZDSZ-be. Újra bekerült az Országgyűlésbe, ekkor egyéni képviselőként (Gyöngyösön), melynek azóta is tagja (az országos listán szerzett mandátumot). A Horn-kormányban megkapta a művelődési és közoktatási tárcát. Nagy vihart kavart azon írása, melyet a középiskolákban osztatott ki és a homoszexualitás elfogadását, tisztelését kérte. 1995 végén lemondott posztjáról.
2002 óta újra az emberi jogi, kisebbségi és vallásügyi bizottság elnöke. Többször indult az SZDSZ elnöki székéért. 2007 januárjában bejelentette, hogy indul a leköszönő Kuncze Gábor székéért a márciusi tisztújító kongresszuson, aki akkor már nem jelöltette magát újra. Ellenfele Kóka János volt, aki azonban végül szoros versenyben legyőzte (377:377 szavazategyenlőség után második, megismételt szavazással 380:367 arányban).
Az SZDSZ 2007. április 18-án jelölte Fodort környezetvédelmi és vízügyi miniszternek Persányi Miklós helyére. A többi SZDSZ-es miniszterrel együtt, 2008. április 1-jén bejelentette kilépését a kormányból április 30-i hatállyal. A 2008. június 7-én tartott rendkívüli tisztújító küldöttgyűlésen 346-344 arányban megválasztották az SZDSZ elnökévé.
Fodor Gábor elvált, előző (második) felesége gyógypedagógus, Czeizel Endre genetikus professzor lánya. Két gyermekük van (egy lány, egy fiú). Jelenleg élettársi kapcsolatban él.
